계명대학교 의과대학은 1899년 의료선교를 위하여 설립되어 우리나라 의학 발전을 이끌어 온 동산기독병원과 기독교 정신이 투철한 인재양성을 위하여 1954년 설립되어 명문사학으로 성장한 계명대학교가 1980년 발전적으로 합병하여 설립되었다.

계명대학교 동산의료원은 1899년 미국 예수교 북장로파 대한선교 유지재단에서 파견된 존슨(Woodbridge O.Johnson)의료선교사가 제중원을 개설하여 의료 활동을 시작한 것이 모태가 되었다.
제중원은 영남지역에서 가장 먼저 서양의술을 도입하여 의료가 낙후되었던 영남 지역에 새로운 서양의료를 시술하여 수많은 사람을 질병의 고통으로부터 해방시키고 복음을 전하면서 활발하게 의료선교 활동을 전개하였다.

제중원은 1905년 대구 동산기독병원으로 종합병원의 체제를 마련하여 발전하였으며, 이후 플레쳐 원장(Archibald G. Fectcher)과 마펫 원장(Howard Moffet)이 일제의 압박과 6.25 동란 후 어려웠던 시절에 선진 의료기술을 전수하여 병원이 발전하는데 크게 기여하였다.

계명대학교와 통합 후 의과대학, 간호대학, 대구동산병원, 경주동산병원을 통합하는 동산의료원으로 체제가 정비되었다.

의과대학은 첨단 의학교육과 연구 시설을 마련하여 세계 속의 대학으로 발전하기 위하여 2000년 5월 20일 새 교사를 기공하고, 2009년 12월 완공하였다.
2010년부터 성서캠퍼스에 마련된 쾌적한 첨단 교육환경 속에서 국내 최신 의학연구 및 교육메카로의 첫걸음을 내딛었다.

2019년 4월 주요교육병원인 계명대학교 동산병원이 첨단 장비와 시설을 갖추어 성서캠퍼스로 이전하여 최상의 환경에서 교육이 이루어지게 되었으며, 의학, 약학, 생명과학과 유기적으로 연결함으로써 연구에도 박차를 가하게 되었다.